在男性，衣原体首先感染前尿道，然后向后尿道蔓延，最后可感染全部尿道，甚至累及输精管和副睾。

　　在女性，子宫颈也是主要的感染部位，临床表现为急性或慢性炎症，有糜烂、白带增多、排尿困难和尿频。